우선, 염색체 구조 등의 변화에 따른 유전자의 변화에 의한 조절이 있고, 전사과정에 있어서는 전사의 시간이나 위치, 그리고 전사량의 조절이 이루어진다. 전사 이후에도 RNA processing과 RNA 수송과정에서 또 한 번의 조절이 이루어진다. 그 밖에도, transaltion의 효율성 조절과 mRNA 수명(half life) 의 조절이 있다. mRNA의 수명의 일반적으로 원핵세포에서는 몇 초에서 몇 분 정도 되고 진핵세포는 몇 시간까지 되기도 한다. 이러한 mRNA 수명 조절의 예를 들어보면, S-phase에서 histone mRNA의 수명이 길어지며 casein mRNA가 prolactin 존재 시에는 늘어 나는 양상을 나타낸다. 물론 단백질에서도 그 활성도가 생리조건에 따라 조절된다.

진핵세포의 유전자 발현은 원핵세포의 경우와는 다소 다른 특징을 보인다. 진핵세포는 주로 monocistronic mRNA를 형성함으로 해서, 원핵세포가 대체로 pol